Le Muséum d'Auxerre a pour mission de présenter, valoriser et faire comprendre la biodiversité, l'environnement et l'actualité scientifique grâce à une programmation culturelle : expositions permanente et temporaires, animations pédagogiques, participations aux manifestations nationales (Journées du Patrimoine, Nuit des Musées, Fête de la Science).

Il conserve 140 000 spécimens d'Histoire naturelle qui lui valent le label "Musée de France".

Le Muséum, Musée de France, veille sur 80 000 spécimens d'histoire naturelle qui racontent la biodiversité actuelle et passée de notre région.

Rassemblés depuis 250 ans, fossiles, minéraux, animaux naturalisés, herbiers, squelettes et insectes attendent dans les réserves du Muséum l'exposition qui les présentera au public ou le chercheur qui les étudiera.

Le Muséum conserve également une collection de 58 spécimens scientifiques de référence, principalement des poissons et crustacés fossiles.